arrow

Základy bioinformatiky: od surových dát po porovnávaciu analýzu


girl

08.02.2021

18:00

Krátkodobý kurz

Dospelé ženy


Osvoj si základy programovania v jazyku R a prácu v príkazovom riadku, so zreteľom na dáta bioinformatického charakteru (tzv. next-generation sequencing data)

Kurz je zameraný na spracovanie dát vo sfére bioinformatiky a výpočtovej biológie.

Zaregistruj sa cez tento formulár.

 

Kedy: od 8. februára do 24. februára 2021 vždy v pondelok a stredu od 18:00 do 20:00 hod.
Kde: online cez aplikáciu Zoom
Cena: 29 eur
Kapacita: 20 účastníčok
Čo je potrebné: inštalácia R-ka (r-studio), v prípade Windowsu aj inštalácia cygwin

Po kurze budú poslucháčky schopné spracovať surové sekvenačné dáta, diskrétne dáta, aplikovať normalizačné techniky (minimalizovať rozdiely medzi vzorkami spôsobené odlišnými veľkosťami vstupných dát), identifikovať systémové chyby a zmenšiť ich dopad. Mnohé z týchto techník sa dajú aplikovať aj na dáta nebiologického charakteru.

Genetické a epigenetické rozdiely medzi jedincami, ako aj druhmi, vedú k odlišnej transkripcii génov (a následne odlišnej koncentrácii proteínov). Základnými dátami na rôzne porovnávacie štúdie v biológii a medicíne sú tzv. NGS dáta (sekvencie DNA, RNA, proteínov). V kurze sa zameriame na tzv. bulk RNA-seq dáta, dobrý odrazový mosík do sveta bio-dát. Bulk RNA-seq dáta (a iné NGS dáta) sa využívajú vo vede a výskume od akadémie, cez nemocnice až po súkromné biotechnologické firmy (MultiplexDX, Roche, AstraZeneca a mnoho ďalších).

Počas kurzu sa poslucháčky naučia takéto dáta spracovať (od štandardného servisu až po interpretáciu), čo im otvorí dvere do sveta bioinformatiky a výpočtovej biológie. Ukážeme si rôzne formáty bio-súborov, nástroje na spracovanie sekvenačných dát ako aj programovanie v R-ku. Kurz je rozdelený do šiestych okruhov (6x 2 hodiny), kde sa bude striedať výklad s praktickými úlohami. Tematicky sa budeme venovať dynamike fágov (bakteriálne vírusy), odolnosti voči ťažkým kovom (rastliny) a rRNA kontaminácii vzoriek (človek). Kurz pozvoľna nadväzuje na promo prednášku o bioinformatike.

Lektorka:

Viera Kováčová pôsobí ako bioinformatička v MultiplexDX, Bratislava, kde je jej hlavnou náplňou spresnenie diagnostiky rakoviny prsníka. Bionformatike sa venovala 7 rokov v Nemecku (Kolín nad Rýnom, Konstanz) a predtým niekoľko rokov v Čechách (Brno). Absolvovala niekoľko letných škôl zameraných na analýzu dát (Anglicko, US, Švédsko). Viera analyzovala dáta z hi-tech biologických metód objasňujúce evolúciu baktérií a kvasiniek, pomohla s prípravou diagnostických testov na covid-19 a chrípky, vysvetlila dlhodobý vývoj časti rastlinnej imunity a pomáhala so skladaním niekoľkých genómov nemodelových organizmov.

V prípade otázok kontaktujte projektovú manažérku Veroniku Pizano pizano@ajtyvit.sk.

 

Toto podujatie je zorganizované vďaka podpore spoločnosti Zurich.

Zurich